Bernhard Pankok wurde am 16. Mai 1872 als ältester Sohn des Stuhlmachers Bernhard Pankok und dessen Frau Maria, geb. Firmans, in Münster/Westfalen geboren. Als Kind hielt er sich oft in der Werkstatt des Vaters auf, besonders nach dem frühen Tod der Mutter 1879. Sein kunstliebender Religionslehrer Carl Ludwig Böddinghaus war von Pankoks Zeichentalent so beeindruckt, dass er die Förderung des Jugendlichen versprach. Nach Ende der Schulzeit fehlte der Familie das Geld für ein Studium des begabten Sohnes und so begann Pankok eine Lehre: Zunächst wohl bei dem Maler und Bildhauer Heinrich Fleige, dann bei dem Dekorationsmaler und Restaurator Heinrich Dieckmann.
Nach der Lehre wandte sich Pankok an seinen ehemaligen Lehrer Böddinghaus und bat um Unterstützung für die Finanzierung eines Malereistudiums. Dieser sorgte im Herbst 1889 für die Aufnahme Pankoks an der Königlich-preußischen Kunstakademie in Düsseldorf. Die Ausbildung erfolgte in klassisch akademischer Weise und förderte Pankoks Vorliebe für Porträtmalerei. Im Sommer 1891 studierte er bei Peter Janssen, der neben den Studien im Antikensaal auch eine Naturzeichenklasse einführte. Die Chance, sich unter einer starken Lehrerpersönlichkeit abseits der geltenden Methoden ausprobieren zu können, prägten Pankoks spätere eigene Lehrtätigkeit. Im Herbst 1891 wechselte er auf Betreiben seines Förderers nach Berlin, bereits ein Jahr später war der Abschluss seiner Ausbildung in München vorgesehen. Pankok ging dort aber nicht an die Akademie, sondern vollendete seine Ausbildung als Autodidakt mit eigenem Atelier und fand abseits akademischer Vorgaben zu seinem eigenen Stil. Außerdem sorgten die verschiedensten Kontakte für ein immer breiter werdendes Betätigungsfeld, das auch das Kunsthandwerk umfasste.
1893 freundete er sich mit dem Maler Ferdinand Coppenrath an, der ihn als Sohn eines bedeutenden Verlegers finanziell unterstützte. Pankok experimentierte in dieser Zeit mit Radiertechnik und Bleistiftzeichnungen im Bereich der Grafik. 1894 kehrte er nach Westfalen zurück, verbrachte den Sommer mit Coppenrath, dessen Schwester Antonette (1870-1920) Pankok 1901 heiratete, und lernte dort den Verleger Peter Francken kennen, der ihn spontan für Kalenderblätter beauftragte. Pankok gestaltete außerdem das Programmheft für das Niederrheinische Musikfest 1896 und den deutschen Katalog zur Pariser Weltausstellung 1900. Ab 1895 veröffentlichte er seine Arbeiten in der Zeitschrift „Pan“, ab 1896 in der Zeitschrift „Jugend“. Damit hatte er einen Bekanntheitsgrad erreicht, der ihm regelmäßige Aufträge für Buchkunst einbrachte.
In diesen Jahren lernte Pankok auch den Schweizer Maler und Architekten Hans Eduard von Berlepsch-Valendas kennen, der als geistiger Vater des Münchner Jugendstils gilt. Dieser hatte in England Kontakte zu William Morris und Charles Rennie Mackintosh geknüpft und forderte bereits seit 1884 eine Abkehr vom Historismus hin zu einem Pflanzennaturalismus japanischer Prägung. Mit seiner Unterstützung realisierte Pankok 1896 seine ersten Möbel und nahm 1897 an der VII. Internationalen Kunstausstellung im Münchner Glaspalast teil. Im Anschluss gründeten die beteiligten Künstler, neben Pankok u.a. Hermann Obrist, Bruno Paul und Paul Riemerschmid, die „Vereinigten Werkstätten für Kunst im Handwerk“. Aus diesem Kreis entwickelte sich schließlich der 1907 gegründete Deutsche Werkbund. Zentrale Figur der Vereinigten Werkstätten war Franz August Otto Krüger, der Pankok mit so vielen Aufträgen für Möbel und Interieurs versorgte, dass dieser kaum mehr zum Malen kam.
1901 plante König Wilhelm II. entsprechend dem erfolgreichen Vorbild der Darmstädter Mathildenhöhe eine ähnliche Kunstförderung in Württemberg, um die heimische Wirtschaft zu beleben. Unterstützt wurde der König von den frisch an die Kunstakademie berufenen Professoren Carlos Grethe und Leopold Graf von Kalckreuth, die auf der Weltausstellung in Paris ein Interieur von Pankok gesehen hatten und daraufhin vorschlugen, ihn als Lehrer nach Stuttgart zu holen. Pankok war gerade mit dem Bau des Wohnhauses für den Kunstgeschichtsprofessor Konrad Lange in Tübingen beschäftigt und schlug zu seiner eigenen Entlastung vor, die Vereinigten Werkstätten von München nach Stuttgart zu verlegen, was jedoch in Stuttgart auf Widerstände stieß, so dass diese Idee aufgegeben wurde. Stattdessen wurde – angegliedert an die Kunstgewerbeschule – eine dritte Ausbildungsstätte gegründet, die Königlichen Lehr- und Versuchswerkstätten mit Sitz im ehemaligen Pönitentiarhaus in der Senefelderstraße 45.
Nach ihrer Einstellung als Leiter dieser neuen Anstalt am 2. September 1901 begannen Franz August Otto Krüger und Bernhard Pankok Anfang 1902 mit ihrer Arbeit. Laut der Chronik 1902 waren die Werkstätten die erste staatliche Anstalt in Deutschland, die Theorie und Praxis im Kunstgewerbe verband und ganz neue Wege ging. Die Konflikte aus dem Vorfeld setzten sich über viele Jahre fort, sodass Krüger bereits 1903 Stuttgart wieder verließ und Pankok die Werkstätten alleine leitete.
Schon 1906 entwickelte er den Plan, die Werkstätten mit der Kunstgewerbeschule und der Kunstakademie zu fusionieren und in ein gemeinsames Gebäude zu ziehen. Im folgenden Jahr wurde ein Teil der Vision in Angriff genommen. Die Kunstgewerbeschule, die in der Königstraße 12 im ehemaligen Kavaliersbau ansässig war, musste wegen des anstehenden Bahnhofsneubaus umziehen und die Werkstätten konnten wegen ihres Zuwachses nicht im Stuttgarter Westen bleiben. Deshalb wurde am Weißenhof das Gelände für einen Neubau erworben, den das Architekturbüro Eisenlohr & Pfennig unter wesentlicher Mitwirkung von Pankok plante.
Am 15. Oktober 1913 wurde der Neubau von der „Königlich Württembergischen Kunstgewerbeschule“ bezogen und stand unter alleiniger Leitung von Pankok, nachdem Hans von Kolb als Leiter der Kunstgewerbeschule in Rente gegangen war. Ab diesem Zeitpunkt wurde die Ausbildung für alle breiter aufgestellt, neben Zeichenunterricht und kunsthistorischen Studien lag der Schwerpunkt auf Werkstattunterricht. Insgesamt wurde in acht Fachbereichen unterrichtet, u.a. Innenarchitektur und Möbelbau, Buchgewerbe, Dekorationsmalerei und Textilgewerbe. Nach dem Ersten Weltkrieg folgten in der nun als „Staatliche Kunstgewerbeschule“ bezeichneten Einrichtung weitere Spezialbereiche wie kunstgewerbliche Fotografie, Glasbearbeitung, Maschinenstricken oder Stoffdrucken. Zum 25-jährigen Bestehen der Schule, das gleichzeitig auch das 25-jährige Dienstjubiläum Pankoks war, fand von Juli bis September 1927 eine weithin beachtete Jubiläumsausstellung statt, zeitlich und räumlich parallel zur Werkbundausstellung „Die Wohnung“.
Bernhard Pankok arbeitete neben seiner Direktoren- und Lehrtätigkeit als Maler, Grafiker, Bühnenbildner, Möbeldesigner, Kunsthandwerker und Architekt. In seine Stuttgarter Zeit fallen drei Gebäude, die 1944 bei Luftangriffen zerstört wurden: das 1906 errichtete Atelierhaus am Stafflenberg, das 1912 erbaute Haus Rosenfeld im Herdweg und die 1925 errichteten Ausstellungshallen am Interimstheaterplatz. Nicht realisiert wurde sein Entwurf für das Kunstgebäude am Schlossplatz, er unterlag bei dem Wettbewerb Theodor Fischer. Berühmt wurde das von ihm entworfene Musikzimmer, das 1904 auf der Weltausstellung in St. Louis gezeigt wurde und sich heute im Landesmuseum Württemberg befindet. Außerdem hatte er nach dem Brand des Lusthauses das 1902 neu errichtete Interimstheater ausgestattet.
Anlässlich des Besuchs des Deutschen Kaisers in Stuttgart im September 1909 setzte Pankok auch mit seinen Tanzbildern neue Akzente in der Bühnengestaltung unter Berücksichtigung technischer Neuerungen. Tanzbilder zielten auf eine ganzheitliche Umsetzung der Musik in Bewegung, Bühnengestaltung und Lichteffekten, die alle Sinne des Zuschauers ansprechen sollten. Die Idee stammte vom Münchner Künstlertheater. Dieser Erfolg führte zu Aufträgen für Bühnen- und Kostümentwürfe zu einer Reihe von Mozart-Opern, beginnend mit Don Giovanni im Herbst 1909. Ab 1915 folgten Ausstattungen von zeitgenössischen Opern wie Mona Lisa von Max von Schillings oder Salome von Richard Strauss. Über seine Kontakte zum Deutschen Werkbund konnte Pankok auch den Auftrag für die Bühnentechnik von Henry van de Veldes Werkbundtheater übernehmen, das 1914 auf der Großen Ausstellung in Köln zu besichtigen war.
Ein ganz anderes Betätigungsfeld war die Ausstattung von Bodenseedampfern, die Pankok gemeinsam mit Lehrern und Schülern der Lehr- und Versuchswerkstätten entwarf und umsetzte. Das Salonboot „Friedrichshafen“ konnte 1909 fertiggestellt werden und 1913 wurde die „Hohentwiel“ nach denselben Plänen ausgeführt. Zwischen 1911 und 1919 entwarf er zudem die Ausstattung von vier Luftschiffen. Sein innovativer Vorschlag, das Mobiliar aus Aluminium herzustellen, stieß bei den Ingenieuren der Luftschiffwerft jedoch auf Ablehnung.
Nach dem Tod seiner ersten Frau Toni heiratete Pankok 1924 seine ehemalige Schülerin Marianne Geyer (1891-1941). 1937 verließ er die Kunstgewerbeschule und ging altersbedingt in den Ruhestand. Pankok starb am 5. Mai 1943 in einer Münchner Klinik, seine Urne wurde neben der seiner ersten Frau im Garten des Sommerhauses in Baierbrunn beigesetzt.
Am 5. November 1946 wurde die Kunstgewerbeschule als Akademie der Bildenden Künste wieder eröffnet. Die Idee der Fusionierung von Akademie und Kunstgewerbeschule wurde auf Betreiben des Kultusministers Theodor Heuss im Sinne Pankoks umgesetzt.
Die Anerkennungen für Pankoks Leistungen sind zahlreich: 1925 Ernennung zum Mitglied der preußischen Akademie der Künste in Berlin, 1927 Benennung einer neuen Straße innerhalb der Weißenhofsiedlung als Pankokweg, 1932 Verleihung der Ehrendoktorwürde durch die Architekturabteilung der Technischen Hochschule Stuttgart zu seinem 60. Geburtstag und Ehrenmitgliedschaft der Stuttgarter Sezession, 1933 Ernennung zum Ehrenmitglied der Akademie der Bildenden Künste München.